A les col·leccions zoològiques destaca l’entomològica, que inclou espècimens de molts grups d'artròpodes, però sobretot de papallones i d'escarabats tropicals. També cal mencionar la col·lecció malacològica i de coralls d’espècies d’arreu del món i la de sifonàpters, amb espècimens provinents de diferents estudis i projectes científics.

La col·lecció de vertebrats està formada per tots els grups: peixos amfibis, rèptils, ocells i mamífers. En destaca la de mamífers, representada per insectívors i rosegadors de la península Ibèrica.